《意見》提出對自貿港重點園區專項編制實施水安全保障方案，建立園區管理機構與周邊市縣政府等共同參加的水務協商合作機制，著力以水系空間引領優化園區城鎮空間布局。此外，要在園區建設中集中應用海綿城市、綜合管廊等技術理念，統籌加強園區防洪排澇和雨水滯滲調蓄設施建設，增強園區洪澇災害防治能力和韌性。推進園區高品質飲用水建設，對標國際國內先進水平，建立健全高品質飲用水技術標準體系，逐步實現園區生活飲用水全面達到可直飲標準。
《意見》還提出，發揮當地水生態環境優勢，科學布局園區水系空間與保護修復，增強水體連通性，打造國際一流的生態宜居園區。加強園區的水資源節約集約循環利用，推動率先在園區形成節水型生產生活方式，提高再生水利用比例，不斷提高用水效率和效益。沿海園區工業用水，可優先使用海水或海水淡化水。
在園區建設專業高效的生活污水處理系統，推進園區污水收集處理及污泥處理設施建設，改造和修復破損老舊污水管網，實行雨污分流。按照智慧海南建設總體要求，同步規劃建設完善智慧水務平臺，提升園區水務精細化管理水平。加快推進落實園區水資源論證、水土保持評估、節水評價等區域評估工作，將涉水行政許可和供水排水報裝服務事項統一入駐政務服務大廳，優化提高服務質量和效率。
