除了益生菌，市面上還有很多號稱加添了益生元的保健品和食品，益生元與益生菌一字之差，兩者到底是什么關系呢?
益生菌是一類對宿主有益的活性微生物，而益生元則是指能促進益生菌生長繁殖的一類結構和性質不同的物質，它們不能被人體吸收，也不能直接對機體起作用，而是通過益生菌發揮生理功能。也就是說，益生元是益生菌的養料和溫床。
益生元與益生菌都對促進腸道菌群平衡有積極的作用，但是作用的方式完全不同。通過攝入益生菌食品，有益菌到達人體內，和原來的有益菌一起發揮作用。而益生元到達腸道，則會積極促進原有的有益菌進一步發揮作用，產生更多的有益菌。并且因為益生元不是生物，只是碳水化合物，所以不存在存活率的問題，只要攝入都可以起作用。所以，益生元在穩定性、有效性、安全性等方面，優于益生菌。
